Τον Φεβρουάριο του 1988 οι Αρμένιοι του Καραμπάχ, ενθαρρυμένοι από την αρχή της "περεστρόικα" ξεκίνησαν τις προσπάθειες για να απαλλαγούν από τον Αζερικό ζυγό. Στις 20 Φεβρουαρίου η απόφαση της Περιφερειακής Σοβιετικής Εθνοσυνέλευσης της Ανεξάρτητης Περιοχής του Ορεινού Καραμπάχ, η οποία απευθυνόταν στα υψηλότερα νομοθετικά σώματα των ανωτάτων Σοβιέτ της Αρμενίας, του Αζερμπαϊτζάν και της ΕΣΣΔ, διατύπωνε το επίσημο αίτημα να μελετηθεί και να επιλυθεί με ευνοϊκό τρόπο «το ζήτημα της μεταβίβασης της Ανεξάρτητης Περιοχής του Ορεινού Καραμπάχ από το Σοβιετικό Αζερμπαϊτζάν στην Σοβιετική Αρμενία». Το Σοβιετικού Αζερμπαϊτζάν απάντησε με βιαιότητες και άγριες διώξεις που οργάνωσε εναντίον του ανυπεράσπιστου αρμενικού άμαχου πληθυσμού.
Το Αζερμπαϊτζάν, αντιδρώντας στις διεκδικήσεις του λαού του Ορεινού Καραμπάχ, οργανώνει πογκρόμ κατά των Αρμενίων σε όλη την επικράτεια της χώρας. Τα πρώτα θύματα της πολιτικής του Αζερμπαϊτζάν ήταν οι Αρμένιοι της πόλης Σουμγκάιτ που βρίσκεται σε απόσταση εκατοντάδων χιλιομέτρων από το Ναγκόρνο Καραμπάχ. Το πογκρόμ εκεί διαρκεί 3 μέρες, από τις 27 έως τις 29 Φεβρουαρίου 1988. Το δεύτερο κύμα των αρμενικών σφαγών στο Αζερμπαϊτζάν ξεκινάει τον Νοέμβριο του 1988, με επίκεντρο το Κιροβαμπάντ, Σαμαχί, Σαμκίρ και Μινγκατσεβίρ. Τα πογκρόμ, οι δολοφονίες, η βία και οι διώξεις του αρμενικού πληθυσμού στο Αζερμπαϊτζάν κορυφώθηκαν με μαζικές δολοφονίες και τον ενδεχόμενο εκτοπισμό Αρμενίων από το Μπακού τον Ιανουάριο του 1990.
Στις 28 Φεβρουαρίου, όσοι συμμετείχαν στο πογκρόμ βγήκαν στους δρόμους και εισέβαλαν σε διαμερίσματα Αρμενίων, εμπνεόμενοι από την απουσία οποιασδήποτε αντίδρασης από τις αρχές. Άνθρωποι δολοφονήθηκαν στα σπίτια τους ή κακοποιήθηκαν δημόσια. Το βράδυ της 28ης Φεβρουαρίου έφτασε ο στρατός στο Σουμγκάιτ. Ωστόσο, δεν έλαβε αμέσως τον έλεγχο της πόλης, δεδομένου ότι δεν είχαν εντολές να χρησιμοποιήσουν βία και όπλα κατά των ενόχων. Τα πογκρόμ και οι δολοφονίες των Αρμενίων συνεχίστηκαν. Μόνο το βράδυ της 29ης Φεβρουαρίου, ο στρατός έλαβε αποφασιστικές ενέργειες και σταμάτησαν οι σφαγές των Αρμενίων.
Οι διωγμοί των Αρμενίων άρχισαν στο Μπακού την άνοιξη του 1988, αμέσως μετά τα γεγονότα στο Σουμγκάιτ και συνεχίστηκαν μέχρι το 1989. Οι Αρμένιοι απολύθηκαν παράνομα από την εργασία τους και εκδιώχθηκαν από τα σπίτια τους. Ξυλοκοπήθηκαν, γελοιοποιήθηκαν και έφτασαν μέχρι και τον θάνατο. Μέχρι τον Ιανουάριο του 1990, μόνο 35.000-40.000 από τους 250.000 Αρμένιους κατοίκους παρέμειναν στο Μπακού. Μέχρι τις 13 Ιανουαρίου, οι σφαγές των Αρμενίων στο Μπακού είχαν γίνει συστηματικές. Όσοι κατάφεραν να ξεφύγουν από το θάνατο απελάθηκαν. Τα πογκρόμ κατά των Αρμενίων του Μπακού ξεπέρασαν σε αριθμό θυμάτων, διάρκεια και κλίμακα τις σφαγές των Αρμενίων του Σουμγκαιτ. Ο ακριβής αριθμός των δολοφονημένων εξακολουθεί να είναι άγνωστος. Σύμφωνα με διάφορες πηγές, σκοτώθηκαν 150 έως 300 άτομα.
Η Δημοκρατία του Ορεινού Καραμπάχ(ΔΟΚ) συστάθηκε στις 2 Σεπτεμβρίου 1991 στα εδάφη της πρώην Αυτόνομης Διοικητικής Περιφέρειας του Ορεινού Καραμπάχ και μέρος της παρακείμενης περιοχής Σαουμιάν (Shahumyan). Εκείνη την ημέρα η κοινή σύνοδος των συμβουλίων των δύο ανωτέρω περιοχών με τη συμμετοχή εκπροσώπων λαϊκών συμβουλίων όλων των στρωμάτων, ψήφισε μια διακήρυξη για τη σύσταση της ΔΟK. Η νομοθεσία της ΕΣΣΔ και το δικαίωμα των εθνών στην αυτοδιάθεση που καθορίζονται στα πλέον σημαντικά διεθνή έγγραφα, αποτέλεσαν τη νομική βάση αυτής της πράξης.
(Άρθρο 72 του συντάγματος της ΕΣΣΔ . Νόμος της ΕΣΣΔ «Σχετικά με τις Διαδικασίες για την Επίλυση Ζητημάτων που Συνδέονται με την Αποχώρηση των Δημοκρατιών της Ένωσης από την ΕΣΣΔ" της 3.ης Απριλίου 1990. Άρθρο 1 της Παγκόσμιας Διακήρυξης του 1948 περί Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων. Άρθρο 4 της Τελικής Διακήρυξης της Σύσκεψης της Βιέννης του 1989 των Αντιπροσώπων των Συμμετεχόντων Κρατών στη Διάσκεψη για την Ασφάλεια και τη Συνεργασία στην Ευρώπη. Διακήρυξη επί των Αρχών του Διεθνούς Δικαίου σχετικά με τις Φιλικές Σχέσεις και την Συνεργασία μεταξύ των Κρατών, σύμφωνα με τον Χάρτη των Ηνωμένων Εθνών)
Αργότερα, κάνοντας χρήση του δικαιώματος για διεξαγωγή ανεξάρτητου δημοψηφίσματος σχετικά με τη νομική και κρατική υπόσταση της περιοχής, όπως καθόριζε η σοβιετική νομοθεσία, το Συμβούλιο των Λαϊκών Αντιπροσώπων της Αυτόνομης Διοικητικής Περιφέρειας του Ορεινού Καραμπάχ, εξέδωσε σχετική απόφαση για τη διεξαγωγή δημοψηφίσματος για την ανεξαρτησία της δημοκρατίας. Το δημοψήφισμα πραγματοποιήθηκε στις 10 Δεκεμβρίου 1991 εν μέσω ανηλεών βομβαρδισμών από τις ένοπλες δυνάμεις του Αζερμπαϊτζάν. Στο δημοψήφισμα συμμετείχε το 82.2% των ψηφοφόρων. Στο δημοψήφισμα έλαβαν μέρος και οι κάτοικοι της επαρχίας Γκετασέν, αποκτώντας έτσι νόμιμα δικαίωμα ένταξής τους στη ΔΟΚ. Η πλειονότητα των κατοίκων που δεν συμμετείχε στο δημοψήφισμα ήταν κάτοικοι των αζερικών οικισμών. Το ψηφοδέλτιο εκτυπώθηκε σε τρείς γλώσσες, την αρμενική, την αζερική (τουρκική) και τη ρωσική. 99.89% των ψηφοφόρων που συμμετείχαν στο δημοψήφισμα ψήφισαν υπέρ της ανεξαρτησίας της δημοκρατίας. Τα αποτελέσματα του δημοψηφίσματος, καθώς επίσης και ο δημοκρατικός και διαφανής τρόπος διεξαγωγής του αναγνωρίστηκαν από τους ανεξάρτητους διεθνείς παρατηρητές.
Το Ανώτατο Συμβούλιο (Κοινοβούλιο) του Ορεινού Καραμπάχ που διαμορφώθηκε στις 28 Δεκεμβρίου 1991, υιοθέτησε μια Διακήρυξη Ανεξαρτησίας επικυρώνοντας έτσι τόσο το αποτέλεσμα του δημοψηφίσματος, όσο και την αλληλουχία των νομικών εγγράφων που καθόριζαν την εφαρμογή του δικαιώματος του λαού στην αυτοδιάθεση και την πολιτική του υπόσταση. Στην αρχή η ΔΟΚ απετέλεσε κοινοβουλευτική δημοκρατία. Λόγω όμως των ευρείας κλίμακας στρατιωτικών επιχειρήσεων του Αζερμπαϊτζάν, η πολιτεία αναγκάστηκε να περιορίσει τις εξουσίες του νομοθετικού και του εκτελεστικού σώματος και τον Αύγουστο του 1992 το Κοινοβούλιο σχημάτισε ένα νέο ειδικό όργανο - τη Κρατική Επιτροπή Άμυνας (ΚΕΑ). Η ΚΕΑ κινητοποίησε και συγκέντρωσε τις εσωτερικές δυνάμεις της δημοκρατίας για να αποκρούσει τις ευρείας κλίμακας επιχειρήσεις του εχθρού. Επικεφαλής της επιτροπής ετέθη ο Ρομπέρτ Κοτσαριάν, ο οποίος και ανέλαβε καθήκοντα πρωθυπουργού.
Μετά, όμως, την υπογραφή της συμφωνίας για εκεχειρία, η ανάγκη για ένα δημοκρατικότερο σύστημα διακυβέρνησης έγινε πιο επιτακτική. Έτσι, στις 21 Δεκεμβρίου 1994 το ανώτατο Συμβούλιο της ΔΟΚ υιοθέτησε το θεσμό της Προεδρίας. Ο επικεφαλής της ΚΕΑ Ρομπέρτ Κοτσαριάν εκλέχτηκε από το Κοινοβούλιο ως ο πρώτος Πρόεδρος της Δημοκρατίας του Ορεινού Καραμπάχ. Σύμφωνα με το νόμο "Περί του Προέδρου" οι επόμενες προεδρικές εκλογές έπρεπε να πραγματοποιηθούν σε δύο χρόνια, μέσω γενικών εκλογών και για θητεία πέντε ετών. Στις 24 Νοεμβρίου 1996 διεξήχθη η πρώτη καθολική ψηφοφορία με την οποία ο κ. Ρομπέρτ Κοτσαριάν επανεκλέχτηκε Πρόεδρος της ΔΟΚ. Στις 1 Σεπτεμβρίου 1997, λόγω της ανάληψης της πρωθυπουργίας της Δημοκρατίας της Αρμενίας από τον κ. Ρομπέρτ Κοτσαριάν, διεξήχθη έκτακτη καθολική ψηφοφορία για την εκλογή νέου Προέδρου της ΔΟΚ, από τις οποίες νικητής ανεδείχθη ο κ. Αρκάντι Γουκασιάν. Ο ίδιος επανεξελέγη για μια 2.η θητεία τον Αύγουστο του 2002. Οι τέταρτες κατά σειράν προεδρικές εκλογές πραγματοποιήθηκαν στις 19 Ιουλίου 2007, τις οποίες κέρδισε ο σημερινός Πρόεδρος της ΔΟΚ κ. Πακό Σαακιάν. Στην αρχή η ΔΟΚ απετέλεσε κοινοβουλευτική δημοκρατία. Λόγω όμως των ευρείας κλίμακας στρατιωτικών επιχειρήσεων του Αζερμπαϊτζάν, η πολιτεία αναγκάστηκε να περιορίσει τις εξουσίες του νομοθετικού και του εκτελεστικού σώματος και τον Αύγουστο του 1992 το Κοινοβούλιο σχημάτισε ένα νέο ειδικό όργανο - τη Κρατική Επιτροπή Άμυνας (ΚΕΑ). Η ΚΕΑ κινητοποίησε και συγκέντρωσε τις εσωτερικές δυνάμεις της δημοκρατίας για να αποκρούσει τις ευρείας κλίμακας επιχειρήσεις του εχθρού. Επικεφαλής της επιτροπής ετέθη ο κ Ρομπέρτ Κοτσαριάν, ο οποίος και ανέλαβε καθήκοντα πρωθυπουργού.
Την διακήρυξη της ανεξαρτησίας του Ορεινού Καραμπάχ ακολούθησε η αντίδραση του Αζερμπαϊτζάν με σειρά επιθέσεων εναντίον των Αρμενίων της περιοχής. Το Αζερμπαϊτζάν μέσα σε 2 χρόνια είχε καταλάβει σχεδόν τη μισή επικράτεια και είχε βιαίως εκτοπίσει τους κατοίκους της. Οι Αρμένιοι με τη σειρά τους οργανώνοντας στρατιωτικές επιχειρήσεις κατέλαβαν περιοχές του Αζερμπαϊτζάν οι οποίες αποτελούσαν βάσεις των επιθέσεών του. Κατάφεραν να σπάσουν τον αποκλεισμό του Ορεινού Καραμπάχ μέσω της πόλης Λατσίν και να δημιουργήσουν χερσαία οδό επικοινωνίας με την Αρμενία.
Μέχρι το καλοκαίρι του 1992 το Αζερμπαϊτζάν κατείχε το 60% των εδαφών του Ορεινού Καραμπάχ. Έχοντας να αντιμετωπίσει τις δυνάμεις του εχθρού το Ορεινό Καραμπάχ στράφηκε προς τη διεθνή κοινότητα και προχώρησε στη σύσταση της πρώτης πλήρους λειτουργούσας δημοκρατίας της περιοχής στις 20 Σεπτεμβρίου του 1992. Τον επόμενο χρόνο απαντώντας στις επιθέσεις των Αζέρων προχώρησαν στην κατάληψη δυο στρατηγικής σημασίας πόλεων εξασφαλίζοντας τον άμαχο πληθυσμό από τις επιθέσεις του εχθρού.
Στις αρχές του 1994 το Αζερμπαϊτζάν συνέχισε τις άκαρπες πλέον επιθέσεις του ενώ το Ορεινό Καραμπάχ πετυχαίνοντας τη κατάληψη υψωμάτων στρατηγικής σημασίας ανάγκασε τον εχθρό να δεχτεί ανακωχή με τη διαμεσολάβηση των Ρώσων.
Στις 5 Μαΐου του 1994 υπεγράφη το πρωτόκολλο του Μπισκέκ ανάμεσα στους αντιπροσώπους του Αζερμπαϊτζάν, του Ορεινού Καραμπάχ και της Αρμενίας το οποίο εξελίχτηκε σε συμφωνία κατάπαυσης του πυρός στις 12 Μαΐου του ιδίου έτους.